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白洋研究組發表“微生物組數據分析方法”的重要綜述

  近年來高通量測序技術的發展促進了一系列適合微生物組研究的技術發展,同時也積累了海量數據。然而,微生物組數據分析過程複雜、分析工具種類繁多,這限制了廣大研究者進入該領域。

 

  中國科學院遗传与发育生物学研究所白洋研究组受Protein & Cell (IF: 14.87)编辑部邀请,撰写微生物组数据分析方法综述。该综述概述了微生物组常用测序技术——扩增子和宏基因组等方法的优缺点,推荐了常用软件、分析流程和数据库,以便研究者选择适合的分析工具和方法。此外还介绍了微生物组下游分析的统计和可视化方法,包括多样性、物种组成、差异比对、相关、网络、机器学习、进化、来源追溯等方法(图)。最后介绍了可重复分析推荐方案,希望本文有助于同行研究人员选择合适的分析工具,高效地数据分析方法,进而有效地挖掘数据背后的生物学意义。

 

圖:微生物組數據分析的常用可視化方案

 

    该项研究成果于2021年5月正式发表于Protein & Cell杂志(DOI:10.1007/s13238-020-00724-8)。遗传发育所刘永鑫高级工程师、博士研究生秦媛和中国中医科学院陈同助理研究员为该论文的共同第一作者,刘永鑫高级工程师和白洋研究员为该论文的共同通讯作者,浙江大学医学院卢美萍教授、钱旭波博士,白洋组郭晓璇博士后参与了此项目。相关工作得到中國科學院战略性先导科技专项、前沿科学重点研究项目、国家自然科学基金面上项目的支持。